电影“夏亚的反叛”的第二次新吉翁 战争12年后，宇 宙世纪105年 （U.C.0105）， 一个名为“马夫蒂 ”的反地球联邦组织开始以 暗杀政府高官的方式对 抗强权统治的地球 联邦政府。该组织 领导人马夫蒂·纳比尤· 艾林的真实身份，是曾与 阿姆罗·雷并肩作战的一年英雄布 莱特·诺亚之子——哈萨 维·诺亚。虽被展现奇异力 量的少女琪琪·安达露西亚言语捉 弄，但哈萨维仍为实现 马夫蒂的目标而步步推进。 与此同时，追捕马夫蒂的联邦军大 佐凯奈斯·斯雷格收到了刑事警察 机构汉德利·约克桑的 密约提议。在哈萨维 与肯尼斯各自为实现目 标而行动时，琪琪 亦为履行自己的使命 ，踏上了前往香港的旅程。！